A história de ArmA 2 se passa em Chernarus, um país fictício localizado na antiga União Soviética, para onde um grupo de elite da Marinha dos Estados Unidos da América foi enviado para, supostamente, oferecer reforço ao governo Chernarussiano na guerra civil que toma conta do país.Em ArmA 2 você controlará os membros do “Razor Team”, um grupo de Infantaria da Marinha que tem a missão de ajudar o governo de Chernarus a acabar com a guerra civil. Entretanto, a história de ArmA 2 não é fixa como as de outros jogos do gênero (o que faz ela parecer um RPG), pois todas as suas ações tem consequências e dependendo das escolhas feitas por você, qualquer uma ou nenhuma das seis facções existentes (uma delas é o seu grupo) poderá passar a ter o controle total dos 225 quilômetros quadrados jogáveis de Chernarus.